使中醫學完成以生命科學為主體醫療模式的方法論轉向，在當代同樣存在著應首先解決的是生命科學研究中的哲學問題和對基本理論模式的推定問題。 

    包括中醫學在內的生命科學，是中國古代文化中的瑰寶，其在先秦文化中，就已經成熟並被包容於儒學和道學之中。生成於中國文化中的這種生命科學形式，因有其相應的哲學為基礎，所以不能以西方的科學理論和科學規律進行界定或者類推。筆者在研究中，根據形而中論的哲學原理，把以生命科學為代表形式的中國科學以其本質性界定為形上性科學，把以聲光電化為代表形式的西方科學以其本質性界定為形下性科學，從科學的基本性上解決了這一研究領域存在的問題（例如“李約瑟問題”等）。具體推論請參考拙作《追尋中國科學精神》一書。 

    我們知道，中國當代的生命科學研究由“氣功熱”所引發，由於沒有相應的基礎理論之準備，所以，生命科學的基礎理論研究的滯後始終成為製約研究中的問題。這些問題表現出當代文化模式與“氣功”文化的母體──中國文化的非統一性，尤其是其中的哲學問題成為問題中的問題。因此，對這些問題的反思將推動哲學、文化與科學的進步。對生命科學的哲學問題的思考，不但使人類文化的本質性和科學的本質性問題得以澄清，而且使哲學在這一過程中帶來自身的革命，哲學將在對存在本體的新認識中突破舊的模式，將在對人類終極關懷中建立人類的哲學。而且，只有在這一哲學理路中，使生命科學的本體論問題得到化解，從而推動生命科學的研究。在這一過程中將推定人類存在的本質性，使人類的文化在存在的本體性形式上解決終極關懷問題。 

    所以，深入探索生命科學研究中的基礎理論問題，使當代以來產生的“氣功熱”向健康的方向上發展及對社會產生積極的影響，是這一工作中的極其重要的組成部分。由於人的存在的終極關懷問題是人的思想和行為的價值主體（生命是一切其他價值所推定的主體），加之中國社會從八十年代以來開始了穩定、健康和政治寬鬆的進步時期，人們的價值主體意識在一定的程度上被社會政治意識形態所認同。在這種社會氛圍中，人們開始有條件以價值主體出發關懷自身的存在問題，開始有條件選擇醫療保健措施，以達到增強身體健康和延長生命之目的。基於自身的醫療經驗，普遍的共識認為常規的西方醫學的方法不能在最基本的價值本體的意義上達到上述目標。因此，從中國古代社會就產生的，被先秦儒學和道學及兩漢以後的道教已經證明的行之有效的“氣功”修煉方法，就成為人們選擇的強身健體的鍛練方法。但是，由於當代人們的思維方式、語言內涵與古代大不相同，加之當代人的社會存在形式與古代（產生“氣功”的）自在形式相差懸殊，更加之當代人們習慣於用西方的科學方法和科學主義的價值觀評介氣功修煉，這就形成了一系列的理論問題，尤其是其中的基礎理論問題。由於古代“氣功”流派眾多，各執其一，良莠參雜，令人難辨真偽。問題表明，當代的“氣功”熱始於社會自發性，而不是出於中國文化和哲學的理性。出於實用的心態，這使生命科學的研究相對被動，因此表現出基礎理論研究的薄弱。由此可知，在生命科學研究中進行基礎理論方面的研究，以確定“氣功”功理功法的普遍意義，使人的價值本體在正確的方法論中達到自在，是當前生命科學研究中的重要工作。而這一工作，也只有人類社會發展到今天，在具備了可供反思的人類學、社會學、政治學、生理學、醫學及科學學等成熟的具有外在價值的理論和實踐的基礎上，人類的認識在確立了價值主體並證明其是唯一最高的價值時才有可能完成。 

    從哲學而言，在當代的文化模式中發生的“氣功熱”，實質上是當代主流文化觀的“異化”，因為無論從何種意義而言，以“氣功”為形式表現出的中國文化的本質性與當代的主流文化觀是不兼容的。這實際生成了下面的悖論──以中國現代主流文化的西方哲學思維推定中國古老的“氣功”。所以，這些主流哲學和文化觀念上的問題，在實踐中成為練功者的心裡障礙，練功者需具備的無私、無為等心裡素質，與當代的價值取向（尤其是商品經濟的價值觀）顯然是相悖的。因此，對氣功修煉者的文化心裡素質的研究表明，社會上產生的廣泛的群眾性的氣功熱，存在著文化上的障礙，存在著基礎理論的困難，存在著哲學認識論的問題。這些，也是存在於生命科學研究者中的問題。 “氣功熱”以來產生的問題表明，由於在研究中缺少對中國傳統哲學文化方面的基礎性研究，因此發生了所謂的反對偽科學的問題，當然，以偽科學貫之於這些問題顯然出於科學主義的價值觀，儘管能說明批評者的心態，但是，由於這種批評不具備本體論意義，因此終非正確，而其中所反映出的哲學和文化價值觀問題對批判者和被批判者都是具有同一性的問題。對於用反對偽科學為武器的批判者而言，把孩子和髒水一同倒掉（例如於光遠、何柞庥、司馬南等人出於意識形態的價值承諾而不是出於理性的承諾而進行的批判）。對於被批判者而言，由於缺少文化的主體意識或出於某種目的，把髒水叫孩子喝掉（例如有的氣功門派聲稱不二法門，修者必需將原來所習所修的知識及書籍等忘掉和燒毀等，這種做法不但有違於文化發展的規律，同時也造成人的文化道德修養的失落）。試問，沒有文化能有今天的文化架構從而能使人們認識氣功嗎？這些就不是用所謂反對偽科學能解決的問題，因為用西方的形下性的科學承諾真理並批判中國形上性的生命科學，由於形下性和形上性的不同，實質上因其不能自圓其說而處於兩難困境。反對偽科學和把氣功稱為科學由於同樣不知其形上性和形下性的區別，這將使人們的認識陷入嚴重的誤區。這些乃是非理性的行為，發展下去，這是對文化的反動，是對生命科學研究及文化理性的扼殺。因此，“氣功”修煉的文化學、人類學意義及其哲學基礎理論和科學的形上性和形下性的不同形式問題，應引起生命科學研究者的極大重視。 

    目前生命科學研究的方法論表明，僅僅以西方自然科學的方法研究人體的某些“氣功”作用下的物理現像以作出某種科學的解釋顯然是不夠的，更主要的基礎性的工作即哲學和文化的研究還沒有在應有的層次上展開，這使得理論上的混亂和造成研究中的困難就不可避免。這一問題，從一些當前發行的氣功雜誌和理論刊物的論點中略見一斑。因此，應在當前的生命科學研究中重視基礎理論方面的研究，尤其重視生命科學的哲學和文化問題，在解決了上述的基礎理論問題之後，生命科學研究才會深入和健康的發展。而這一進程表明，人類社會發展到當代，由於價值主體的反思和被重新確立，將使西方自然科學的模式由形下性轉化為形上性，在中國生命科學對終極關懷的承諾中，使生命科學研究具有人和社會存在形式的必然統一性。 

    當代的生命科學研究表明，由於哲學思維自在於研究中的作用，並由於有相當多的研究者的哲學思維束縛於西方哲學的模式，使生命科學的研究因哲學思維方式上的問題，出現了一些誤解和爭論，沒有產生突破性的研究成果。黑格爾認為：“既然文化上的區別一般地基於思想範疇的區別，則哲學上的區別則更是基於思想範疇的區別”（黑格爾：《哲學史講演錄》商務印書館1959年9月新1版第1卷第47頁）因此，如果說以形下性的西方科學的模式承諾並生成了西方的醫學體系，這由其哲學的統一性所決定，那麼，形上性的中國生命科學也只能是中國哲學生成的科學形式。所以，如果不是出自於理性，而是以幾十年來養成的西化的思維定勢、那種被異化的文化價值觀及其對意識形態上的承諾，因此以西化的概念和範疇作為坐標系進行中國的生命科學研究，那麼，顯然由於中國生命科學研究的形上性，其概念範疇在兩種科學形式及本質上的非統一性，將造成理解中國生命科學的嚴重誤區。 

    我們看到，當代的生命科學研究始於“特異功能”、“氣功”等現象的出現，研究方向是基於人的內在性的自我操作所產生的人體效應以對生命的重要作用作出科學的闡釋。但是，這一闡釋的形式雖然借鑒於西方科學，由於生命科學的對象及實驗的主體是修煉者自我的感覺經驗，表現出科學的形上性；而西方科學是物理性的實在形式，表現為形下性，使之形下性科學的物理形式與經驗感覺的形上性不具有完備同一的對應性成為科學模式上的困難。因此，對人體的完備的物理測量，尤其是“氣功”作用下的人體效應，是形下性的科學模式和技術水平所無法達到的。從哲學角度而言，由於研究對象的操作形式產生於自在的哲學思維方式（道學、儒學、醫學），不同於西方科學的哲學思維，所以，中國生命科學的研究實質上是超越西方科學形式的研究方法。之所以藉鑑科學，僅僅是尋求以西方自然科學已然成功的物理形式作為認識論的參照系。但是，對人體自在的內在性、對生命的可操作性（我命在我而不在天）之效應（例如大、小周天）的形上性的普遍原理的認識，由於西方自然科學並不具有本體論的自在性，所以將對形上性的生命科學的推定顯得無能為力。因此，只有在明確區分形上性和形下性科學的不同從而推定正確的研究方法，以此進行生命科學研究並最終建立形上性的科學模式，才是正確的研究方向。 

    把生命科學研究的自在性放到其歷史和邏輯的過程中反思，能進一步理解中國古代生命科學不同於西方自然科學的本質性。任何科學的產生都有其自在的本體論支持，例如西方的科學產生於古希臘的哲學。然而，所謂的生命科學研究的對象卻是早在幾千年前產生於中國的古代哲學文化中的中醫學及儒學和道學之中，如上所論，生成其形上性生命科學的哲學是與西方哲學截然不同的形而中論。顯然，關於人的存在，無論中國哲學的形而中論還是具體的生命科學形式，也無論是其表現在歷史中的和邏輯中的統一性，都不同於西方的哲學和形下性的自然科學體系，所以，不能以西方哲學和形下性科學的方法對中國的生命科學形式進行簡單的推定。 

    顯然，不能以西方的哲學和自然科學的模式推定生命科學研究的終極價值，因為人類已經有了相當長的和豐富的社會歷史來了解人類的過去，而這一了解並不再是個體的經驗，而是知識的積澱，人類已經終於在普遍意義上發現對終極關懷問題的解決絕不是任何物質性的滿足所能達到的，也不是西方的科學形式所能完成的，而必須尋求其它的道路。正是在這樣一種只有在當代才能引起普遍性共識的文化氛圍中，當代的“氣功熱”和生命科學研究才成為可能。如上所述，西方科學是十足的形而下的產物，而中國古代的生命科學研究和修煉實踐卻是形而上的產物，所以，西方的形而下與中國的形而上的哲學和科學的融通，是當代生命科學研究中的潛在的哲學困難之一。 

    事實表明，以西方哲學和科學模式對生命科學的研究方法，已在生命科學的本體論承諾中發生了認識論問題，因為把人的存在作為純物質性存在因而用物質實驗的方法以證明例如外氣、內氣等效應性問題的研究，實質上是用科學形式對人體科學研究在形式上的限定。應當認為，在相關的物質能量轉換的層次上利用科學形式鑑別人體的物理效應，在形式上是有效的。但是，對產生這些物理能量效應的本體上的操作方式和其本質性的研究，尤其是自在於存在者之中的意識自為所產生的形上性的生命科學作用，當代自然科學以物理性和實在性形式所進行的研究，由於其被時空的參照系所限定，將是相當困難的，甚至是無能為力的。生命科學研究將表明，當代的生命科學研究不具有與歷史上其他部類的科學研究相同形式的研究，其應當是哲學和科學的整合──以新的科學模式並在其中進行的研究和推定。 

    對於科學研究中的認識論問題，愛因斯坦曾指出：“即使是有勇敢精神和敏銳本能的學者，也可以因為哲學上的偏見而妨礙他們對事實作出正確解釋。這種偏見──至今還沒有滅絕──就在於相信毋須有自由的概念構造，事實本身就能夠而且應該為我們提供科學知識。這種誤解之所以可能，只是因為人們不容易認識到，經過驗證和長期使用而顯得似乎同經驗材料直接相聯繫的那些概念，其實都是自由選擇出來的”（《愛因斯坦文集》第1卷，第22頁）。愛因斯坦指出的問題，有普遍性的意義，在當代的生命科學研究中顯得更為重要：由於物理科學模式與生命科學效應的能量轉換的時空非統一性困難，此時，以形下性的科學模式對形上性的生命科學現象的解釋，不但顯的牽強附會，而且不利於生命科學的本質性研究。所以，哲學思維的僵化，是其根本問題。儘管已有學者指出，生命科學的研究將帶動科學革命，實現科學模式的內向性轉化（見辛立洲: 《二十一世紀的明珠──中國文化簡論》天津人民出版社，1994年4月第1版）。但並沒有引起生命科學研究者的廣泛注意。我們看到，在目前的生命科學研究中，由於物理科學模式運用於生命科學研究由形下性向形上性轉化模式上的困難，把人體氣功效應中的不能被形下科學所推定的現象稱為異端邪說、封建迷信等時而有之。更有甚者，以“氣功”現象與形下性的科學原理的相悖為理由而加以否定。之所以產生這些認識，除卻意識形態方面的原因而外（因不是學術問題，故不在本文的討論之內），都是自覺和不自覺的陷入了哲學上的誤區而形成的。因此，應當了解形下性科學的本質性。任何形下性的科學，都是主體對客體進行的模式上的轉換，使客體能夠以被感知的形式進行觀察和理解，進而重構概念和理論系統。由於時空的形式化，模式轉換的時空限定性成為形下性科學中的困難問題。在形下性的科學研究中，為突破時空限定性，測試儀器被不斷改進，數學──時空形式化的基本工具不斷被新的數論所取代，使主體對存在的認識向深層發展。但是，形下性科學模式的時空轉換問題卻始終成為製約人的認識的基本問題。自相對論問世之後，時空被引進認識論領域，但是，時空的基本問題，例如時空在物理效應的模式中的作用、觀測儀器的時空效應等問題，沒有引起研究者的注意，而生命科學研究最具本體性的問題則是在科學效應的形上性與人體效應的時空模式的非對應性之中。對於這一形上性科學的本質性問題能否引起研究者的注意並在實踐中加以解決，是當代生命科學研究能否真正的稱其為科學的本質性關鍵問題。 

    當代生命科學研究所發現的哲學問題表明，不能在生命科學的研究中把西方科學和哲學方法論作為完備的坐標系。對科學的認識應消解這樣的一個誤區，即：科學是認識世界的工具，工具本身不能成為世界的代表，科學是認識真理的工具，而工具本身並不能代表或取代真理。 

    就西方自然科學原理的本質性而言，是思維以範疇的模式化產生的對客體的物理性建構。由於其具有物理的外在的物質性，所以，到目前為止，還沒有發現科學的範疇和模式能與人體的練功效應完備的對應性，以所謂的科學儀器的模式所進行的對人體效應的觀測，則由於能量和時空轉換的困難，使對其所進行的解釋多有牽強之處。這些表明，以氣功修煉所進行的經驗形式和科學形式之間需要一種轉換的模式，而這一模式的轉換在西方的自然科學體系內是不能完成的。所以，西方的自然科學體係並不能對人體的練功效應給以終極價值的推定。 

    這樣，將出現下述的困難：既不能把形下性科學的形式用於生命科學研究，又要對中國的“氣功”修煉的形上性方式給出科學形式上的證明。解決這一困難的方法只能是在認識論的層次上給以界定，使人體的相關研究於科學的模式中在一定的層次上以模式的轉換方式為科學所包容，從而把科學形式區分為形上性和形下性。以人體“氣功”效應的自為性而言，如果以形下性的科學儀器對人體效應作測定，對“外氣”尚可以某種物理效應或以物理實在進行解釋，但對於“內氣” ，以物理效應或物理實在進行解釋，就成為問題。例如，在修煉道家內丹功的過程中，身體中的內氣根據其練功的層次的不同，感覺到的內氣“質量”大不一樣，所循走的經絡也不盡相同，小周天，大周天，玉液還丹，金液還丹等層次均具有不同的感覺和能量形式（如：熱感、涼感、氣重氣清、有汗無汗等等）。又如，內氣以時間的不同而循行於一定的經絡（例如子時為複氣在尾閭穴），這一循行過程無論對任何人都一樣，是一個自然的過程，然而，對經絡的認識用形下性的科學模式進行的推定已經非常困難，對這一過程的的可操作性的測定與對受試者的主體感覺進行定性的形下性的科學模式化就更困難。由於人是受試的主體，而人體的氣功效應是主體的操作性，並不具有形下性的科學儀器對人體干涉的決定性。所以，對於形下性科學的闡釋而言，西方科學的形式並不具有唯一性，因為生命科學的研究存在著模式化的定性與主體的感覺同一性的困難問題。這一點使我們回到休謨哲學。 

    休謨哲學表明，對於人的主體性認識，主體的所有認識都不能提供可靠的與存在的同一證明，所以，主體的所有的認識並不具有本體論意義。對休謨問題的哲學反思，使休謨的懷疑論哲學推進了西方認識論哲學的發展。但到目前為止，西方的後現代主義以海德格爾哲學為代表形式仍然俳徊於休謨的問題之中。由於在形下性的科學哲學中存在這樣的問題，所以，企圖以形下性的科學形式闡解人體的“氣功”效應，就必然遇到的上述的不可克服的本體論和認識論困難。