經絡學說在臨床上可以應用於解釋病理變化、協助疾病診斷，以及指導臨床治療三個方面。 

    1、解釋病理變化

    經絡與疾病的發生、傳變有密切的關係。某一經絡功能異常，就易遭受外邪的侵襲，既病之後，外邪又可沿著經絡進一步內傳臟腑。經絡不僅是外邪由表入裡的傳變途徑，而且也是內臟之間、內臟與體表組織間病變相互影響的途徑。 

    2、協助疾病診斷

    由於經絡有一定的循行部位和臟腑絡屬，可以反映所屬臟腑的病證。因而在臨床上，就可以根據疾病所出現的症狀，結合經絡循行的部位及所聯繫的髒腑，作為臨床診斷的依據。如脅痛，多病在肝膽，脅部是肝經和膽經的循行之處。近年來，人們根據經絡循行通路，或經氣聚集的某些穴位上出現的疼痛、結節、條索狀等反應物，以及皮膚的形態、溫度、電阻改變等來診斷和治療疾病，如肺臟有病，中府穴可有壓痛。 

    3、指導臨床治療

    經絡學說早已被廣泛用於指導臨床各科的治療，特別是針灸、按摩和中藥處方。如針灸中的“循經取穴法”，就是經絡學說的具體應用。如胃病，常循經遠取足三里穴；脅痛則取太衝等穴。中藥治療亦是通過經絡這一渠道，使藥達病所，以發揮其治療作用。如麻黃入肺、膀胱經，故能發汗、平喘和利尿。金元四大家中的張潔古、李杲還根據經絡學說，創立了“引經報使藥”理論。如治頭痛，屬太陽經的用羌活；屬少陽經的用柴胡。