腧穴不僅是氣血輸注的部位，也是邪氣所犯的處所，又是針灸治療疾病的刺激點。腧穴治療疾病的關鍵就是接受適當的刺激以通其經脈，調其氣血，使陰陽歸於平衡，臟腑趨於和調，從而達到祛除病邪的目的。針灸治療的原理，就是通過刺激局部的腧穴，發揮經絡的調整和傳導作用，給臟腑甚至於機體以整體影響，腧穴的治療作用可以從以下三個方面加以論述：
一、近治作用
這是所有腧穴主治作用所具有的共同作用，凡是腧穴均能治療該穴聽在部位及鄰近組織器官的病症，如懸顱，頜厭治偏頭痛；面目浮腫，取水溝，前頂；耳聾氣閉，取聽會、翳風；如上肢病可以肩躦，曲池，合谷；下肢可取環跳、委中等·取肺俞、風門、天突等穴治療肺部疾患取心俞、巨闕、章門等治療心脾胸脅疾患取中脘、天樞、大腸俞等穴治療胃腸疾患；以及取腎俞、關元、中極、維道等穴治療泌尿，生殖疾患等等，都是腧穴治療局部體表或鄰近內臟疾患的例子。
如是以少陰腎經腧穴為例：足底的湧泉可治足心熱；足跟的大鐘可治療足跟痛；腓腸肌下端的築賓可治小腿內側痛；少腹部的橫骨、大赫可治生殖，泌尿系病，上腹部的幽門，通谷可治胃腸病；胸腸部的俞府、神藏可治肺髒病。餘脈皆如此。也就是說，每個經穴隨著經脈循行部位的不同，其主治重點也隨之轉移，由於每條經脈的經穴都存在這個共性，因此，應用經穴治療局部體表或鄰近內臟疾患，往往可不受經脈所循線路的約制，而體現出橫向的階段性的分部主治規律。
二、遠治作用
這是十四經腧穴主治作用的基本規律。在十四經腧穴中，尤其是十二經脈在四肢肘脈以下的腧穴，不僅能治局部病症，而且能治本經循行所涉及的遠隔部位的組織、器官、臟腑的病症，甚至具有治療全身病患的作用。如《大全》載：“三里，內庭穴，肚腹妙中訣；曲池與合谷，頭面痛可撤；腰背痛相連，委中、崑崙穴。”《聚英》也有類似記載：“肚腹三里留，腰背委中求，頭項尋列缺，面口合谷收”。又“頭面之疾尋至陰，腿腳有疾風府尋，心胸有病少府瀉，臍腹有病曲泉針”，等等。
經穴的遠治作用與經絡的循行分佈是緊密相連的。經穴，顧名思義是經絡之穴。這也指明了經穴主治與經絡之間的關係。例如手太陰肺經肘以下的穴位，一般都能主治肺臟、氣管咽喉及相應體表部位的疾病，而手太陰肺經所出現的病候，又同該條經脈的穴位主治基本一致。又如臨床上常取合谷治療牙痛，內關治療胃脘痛，後溪中諸治療頸項扭傷，足三里，上巨虛治療胃腸疾患等，都是根據經絡循行進取遠道穴位。其他如上病下取、下病正取、中病旁取，左右交叉及前後對刺等，同樣是基於經絡學說的原理。經絡的循環有表里相合，交區交會、根結、標本、氣街等多種聯繫的特性，這種特性也反應在腧穴的遠治作用上。如取大椎穴退熱，遺尿可以取三陰交。
根據經絡學說的敘述，每條經脈上所分佈的穴位，是這條經脈脈氣所發的部位。如果這條經脈發生了異常變化，即出現各種病候，就可以通過刺激這條經脈的穴位，調整經脈、臟腑的氣血而把疾病治愈。在經絡學說中常有“經脈所過，主治所及”的論述，即指出經脈病候與穴位治療作用的密切關係。根據《內經》記載，經脈的病候的內容可以分為外經病候和臟腑病候兩個方面，外經病候是指邪氣侵襲體表循行部位，導致經脈發生病變而反映出來的各種症狀和體徵，故又稱本經體表病候；臟腑病候則為邪氣沿經脈體內循行所侵犯至所屬經絡及相關聯的髒腑所表現的症狀和體徵。因此，每個經穴的治療作用都可以體現在本經的外經病候和臟腑病候兩個方面。如手太陰肺經的尺澤、孔最、列缺、魚際等，均可以治療咳喘、氣逆等肺髒病候，同時有能主治肘臂腫痛、胸痛等外經病候。其他各條經脈的經穴也都有類似的情況。據此，則可以進一步總結出十四經穴的主治概要：
1．手三陰經經穴主治胸、心、肺疾患：手太陰肺經經穴
主治胸、肺(包括氣管、咽喉鼻)疾患，手厥陰心包經經穴主治胸心(包括脈管，舌，神誌)、胃脘疾患；手少陰心經經穴主治病有胸心(包括舌，脈管，神誌)疾患。
2．手三陽經經穴主治頭面、神誌及熱病：手陽明大腸經經穴主治頭額、面、眼、耳、鼻、喉、上肢外側前緣、裡熱等疾患；手少陽三焦經經穴主治頭顳、耳、眼、咽喉、上肢外側中線及半表半里熱等疾患；手太陽小腸經經穴主治頭項、眼、耳、喉、上肢、外側後緣、表熱及神誌疾患。 ’
3．足三陽經經穴主治頭面、神誌、軀幹六腑病、熱病；足陽明胃經經穴主治頭面、口齒、喉、胃腸、軀乾及下肢前側、裡熱、神誌等疾患；足少陽膽經經穴主治頭顳、耳、眼、脅肋、膽、下肢外側、半表半里熱等疾患；足太陽膀胱經主治頭項、眼、軀乾後側(腰背)、下肢後側、膀胱、表熱及神誌等疾患。
4．足三陰經經穴主治腰腹、肝、脾、腎疾患：足太陰脾經經穴主治臍腹、脾胃、腸、泌尿及生殖疾患；足厥陰肝經經穴主治脅腹、少腹、頸項、肝、生殖及泌尿疾患；足少陰腎經經穴主治腰腹、咽喉、腎、發育、生殖及泌尿疾患。任脈的經穴主治胸腹，少腹部穴位均有強壯作用。督脈經穴主治腰、背、頭項部穴位均有治療神誌及一切風症的作用。
經穴的遠治作用，尤以四肢肘膝關節以下的穴位最為明顯。在《內經》以四肢為根、為本，頭身為結，為標，十二經的“本”都在四肢下端部位，“根”即係四肢末端的井穴。扼要地說明了肘膝以下經穴對治療其遠隔部位疾患的重要作用，這些穴位對治療內臟以及全身疾病都具有重要意義。
三、特殊作用
腧穴的特殊治療作用主要指腧穴的相對特異性和雙重的良性調整作用兩個方面而言。
腧穴的特異性，是指穴位與非穴位或這一腧穴與那一腧穴在治療上所具有的不同特點，也就是每一個腧穴對不同臟器與部位所發生的各種病變具有特殊作用。腧穴的特殊治療作用，首先表現在穴位與非穴位的明顯差別。大多數的研究資料證明，穴位的作用明顯，非穴位大多無作用或作用較差。這樣，取穴的準確與否就直接關係到療效的好壞，是十分重要的。其次是不同腧穴之間的治療作用差異顯著，如針刺合谷、頰車、地倉可以治療口眼斜；刺環跳、風市、委中、陽陵泉可以治療下肢痺痛，但將兩種反過來用穴則基本無效。這說明腧穴主治的確有其特異性，經臨床實踐驗證療效是可靠的。
所謂的腧穴的雙重良性調整作用，即在機體不同狀態下，同一腧穴體現出兩種相反的治療作用，稱為“雙關性”、“雙相性”等，如百會穴，在清氣下陷時可以升提清氣，在肝陽上亢時可以平肝潛陽；內關可使心動過緩者加快心跳，心動過速者減緩心率；合谷穴在解表時可以發汗，在固表之時又能止汗等等。腧穴的這一治療特性，使針灸治療具有廣泛的適應性和一定的安全性。 《灸法與保健》一書認為：“只要掌握針灸的基本原則，即使對無病的人，或配穴欠妥，也不會發生不良反應。因為針灸是調整機體的異常現象，偶爾制之，對正常的生理功能影響不大，或者是短暫的改變，不久就恢復原來的狀態了”。因而認為：有關穴位對正常機能狀態下的髒器亦可不起明顯作用。
在討論腧穴的雙重治療作用之時，有兩點是需要反復加以注意的。其一，補與瀉是針灸施術的基本法則，其方法，作用完全彼此相反。在治療時，腧穴處方既成，適應結合病情適當運用不同的補瀉手法，才能提高治療效果。其二，腧穴間的相互配伍加減可明顯改變處方的治療效應。而“病有增減，穴有抽添，方隨症移，效從穴轉”講的就是這個道理。